A. Googleフォームの送信と、Classroomの提出済みは連動しないので、生徒さんに提出済みをクリックしていただく必要があります。

Q. 課題からフォームのみを配信すると、連動はされるのですが、そのPDFが連動してないという解釈でよろしいですか？

A. 今のところ、課題にフォームと他のファイルを添付した場合、何か起こる場合がある、ということだけ分かっております。
今回の事象とは違うかもしれませんが、確実に分かっていることとしては、課題にフォーム（テスト形式）を添付して、成績インポートを設定したときに、課題にフォーム以外の添付ファイルがあると、成績インポートができなくなります。

Q. では別々に投稿したほうが良いということですね

A. そうですね、Googleフォーム単独で添付したら、自動で提出済みになりました。