A.  持ち上がりでの使用のメリットは、それまでの各種履歴がそのまま残った状態で使えます。
デメリットは作業内容がアカウントの所属組織変更だけでなく、私立学校進学の児童アカウントを削除する作業なども追加となり、やや複雑になることが想定されます。
新規作成のメリットは、作業（小学校アカウント削除と中学校アカウント発行）が一括なので効率的にできることです。デメリットは、履歴がすべて消えることです。

双方にメリット・デメリットがあります。また、組織構造や運用方法によって新規が良いか持ち上がりの使用が良いかが変わるので、現在の環境を踏まえて検討されるのが良いかと思います。
なお、ユーザー名を途中から変更しても、以前のアカウントに届いたメール等は引き続き新しいアカウントに届くようになっています。

ユーザーのメールアドレスの変更による影響